Installed Application Software and Libraries

Introduction

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This page was created to give you an overview of the installed software (format: name/version) on the cluster. The list will be updated at least once per week.

/cm/local/modulefiles

• cluster-tools/7.3
• cmd
• dot
• freeipmi/1.5.2
• gcc/6.1.0
• ipmitool/1.8.17
• module-git
• module-info
• openldap
• shared

/cm/shared/uniol/modules/core

• hpc-uniol-env (L)
• slurm/current (L)

/cm/shared/uniol/modules/bio

• BCFtools/1.3.1
• bcl2fastq2/2.18.0.12
• BEDTools/2.26.0
• BLAST/2.2.26
• BLAST/2.6.0 (D)
• BLAT/3.5
• BamTools/2.4.0
• Beast/2.4.5
• BioPerl/1.7.0
• Biopython/1.68
• Bowtie/1.1.2
• Bowtie2/2.2.9
• bwa.kit/0.7.12
• CD-HIT/4.6.4
• cutadapt/1.9.1
• FASTX-Toolkit/0.0.14
• FastQC/0.11.5
• IGV/2.3.80
• IGVTools/2.3.75
• Lighter/1.0
• Lumpy/0.1
• NextGenMap/0.5.2
• Picard/2.9.0
• SAMtools/1.3.1
• SOAPdenovo2/r240
• Stacks/1.42
• Trinity/2.2.0
• VCFTools/0.1.14
• ViennaRNA/2.3.1

/cm/shared/uniol/modules/cfd

• ESMF/7.0.0
• GMT/5.3.1
• OpenFOAM/1.7.1
• OpenFOAM/2.1.1
• OpenFOAM/2.3.1
• OpenFOAM/2.4.0
• OpenFOAM/3.0.1
• OpenFOAM/4.0
• OpenFOAM/4.1-gcc
• OpenFOAM/4.1-se
• OpenFOAM/4.1 (D)
• OpenFOAM-Extend/3.2
• PALMDependencies/all
• ThetaDependencies/all
• WPS/3.6.1
• WPS/3.7.1
• WPS/3.8.0
• WPS/3.8.1 (D)
• WPS/3.6.1
• WPS/3.7.1
• WPS/3.8.0
• WPS/3.8.1 (D)
• WRFGeodata/all
• WPSGeodata/3.8 (D)

/cm/shared/uniol/modules/chem

• CP2K/3.0
• ORCA/3.0.3
• ORCA/4.0.0 (D)
• PLUMED/2.2.3
• gaussian/g09.b01
• gaussian/g09.d01 (D)

/cm/shared/uniol/modules/compiler

• CUDA-Toolkit/8.0.44
• GCC/4.9.4-2.25
• GCC/5.4.0-2.26
• GCC/6.2.0-2.27 (D)
• LLVM/3.8.1-goolf-5.2.01
• LLVM/3.8.1-intel-2016b
• LLVM/3.9.0-intel-2016b (D)
• NAG_Fortran/5.2
• PGI/12.10
• PGI/15.10
• PGI/16.10 (D)
• icc/2016.3.210
• ifort/2016.3.210

/cm/shared/uniol/modules/data

• CDO/1.7.2-intel-2016b
• HDF/4.2.11-intel-2016b
• HDF5/1.8.17-intel-2016b
• NCL/6.3.0-intel-2016b
• g2clib/1.4.0-intel-2016b
• g2lib/1.4.0-intel-2016b
• grib_api/1.16.0-intel-2016b
• netCDF/4.4.1-intel-2016b
• netCDF-Fortran/4.4.4-intel-2016b

/cm/shared/uniol/modules/devel

• Autotools/20150215
• Boost/1.61.0-goolf-5.2.01
• Boost/1.61.0-intel-2016b (D)
• CMake/2.8.12
• CMake/3.6.2 (D)
• CUDA-Profiler/8.0.44
• CUDA-Visual-Profiler/8.0.44
• Cube/4.3.4
• M4/1.4.17
• ncurses/6.0
• Nvidia-Tesla-GDK/352.79
• OTF2/2.0
• Qt/4.8.7-goolf-5.2.01
• SQLite/3.9.2-intel-2016b
• SQLite/3.13.0-goolf-5.2.01
• SQLite/3.13.0-intel-2016b (D)
• Scalasca/2.3
• Valgrind/3.12.0
• xbitmaps/1.1.1
• xorg-macros/1.19.0

/cm/shared/uniol/modules/lang

• Anaconda3/4.3.0
• Bison/3.0.4
• Gurobi/7.0.2
• Java/8.112
• nodejs/4.4.7-intel-2016b
• Perl/5.20.3
• Python/2.7.11-intel-2016b
• Python/2.7.12
• Python/3.5.2 (D)
• R/3.3.1
• ScientificPython/2.9.4-Python-2.7.12 (D)
• Tcl/8.6.4-intel-2016b
• Yasm/1.3.0

/cm/shared/uniol/modules/lib

• CFITSIO/3.410
• CUDA-Blas/8.0.44
• CUDA-FFT/8.0.44
• libtool/2.4.6
• libpng/1.6.24
• libxml2/2.9.4
• path.py/8.2.1-intel-2016b-Python-3.5.2
• SIONlib/1.6.1
• testpath/0.3-intel-2016b-Python-3.5.2
• Xerces-C++/3.1.3
• xforms/1.2.4
• zlib/1.2.8
• zoltan/3.83

/cm/shared/uniol/modules/math

• GMP/6.1.0-intel-2016b

/cm/shared/uniol/modules/mpi

• OpenMPI/1.10.4-GCC-4.9.4
• OpenMPI/2.0.1-GCC-5.4.0
• OpenMPI/2.0.1-GCC-6.2.0
• OpenMPI/2.0.2-GCC-5.4.0-2.26 (D)
• impi/5.1.3.210

/cm/shared/uniol/modules/numlib

• ATLAS/3.10.2
• Armadillo/7.500.1
• cuDNN/5.1-CUDA-8.0.44
• Eigen/3.2.9
• FFTW/3.3.5-gompi-5.2.01
• FIAT/1.6.0-intel-2016b-Python-2.7.12
• GMP/6.1.1 (D)
• GSL/2.1
• Hypre/2.11.1
• imkl/11.3.3.210
• leda/6.3
• LinBox/1.4.0
• maple/18
• MATLAB/2016b
• maple/2016 (D)
• MPFR/3.1.4
• NTL/9.8.1
• Octave/4.0.3
• OpenBLAS/0.2.19
• Qhull/2015.2
• ScaLAPACK/2.0.2
• SuiteSparse/4.5.3
• stata/13

/cm/shared/uniol/modules/phys

• EGSnrc/2017
• Geant4/9.6.p04-intel-2016b
• Geant4/9.6.p04
• Geant4/10.02.p01 (D)
• fluka/2011.2c

/cm/shared/uniol/modules/toolchain

• foss/2016b
• gompi/4.1.10
• gompi/5.2.01
• gompi/6.2.01 (D)
• goolf/5.2.01
• iimpi/2013b
• iimpi/2016b (D)
• intel/2013b
• intel/2016b (D)

/cm/shared/uniol/modules/tools

• EasyBuild/3.0.0
• Ghostscript/9.19-intel-2016b
• NCO/4.6.0-intel-2016b
• XZ/5.2.2-intel-2016b
• configurable-http-proxy/1.3.0-intel-2016b-nodejs-4.4.7
• tree/1.7.0
• util-linux/2.29-intel-2016b

/cm/shared/uniol/modules/vis

• FFmpeg/3.1.3-intel-2016b
• GraphicsMagick/1.3.25-intel-2016b
• OpenCV/3.1.0-intel-2016b
• ParaView/5.1.2-goolf-5.2.01-mpi
• ParaView/5.1.2-intel-2016b-mpi (D)
• Tk/8.6.4-intel-2016b-no-X11
• UDUNITS/2.2.20-intel-2016b
• gettext/0.19.8
• gnuplot/5.0.5-intel-2016b
• grace/5.1.25
• libX11/1.6.3-intel-2016b
• motif/2.3.6
• ncview/2.1.7-intel-2016b

The list above is based on the information gathered by the command

module avail

If you want to create a list of every available software on the cluster, on your own, you can do this by simply using the command:

module spider

The available software will be listed in the format: name, version