Palm.sge

#!/bin/bash

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#                   Sun Grid Engine (SGE) Batch Job Script                   #
#                  Example for submitting a PALM job to FLOW                 #
#                  (BW, Unversity of Oldenburg, January 2013)                #
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#                SGE directives (options to the qsub command)                #
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### NOTE: All lines containing SGE directives have to start with "#$" ###

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# General options #
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### Write stdout and stderr in only one file: ###
#$ -j y

### PALM requires the Korn-shell: ###
#$ -S /bin/ksh

### name of the job ###
#$ -N palm

### change to directory where job was submitted from: ###
#$ -cwd

### extend PATH-variable to use PALM scripts ###
### and set environment variable PALM_BIN    ###
export PALM_BIN=$HOME/palm/current_version/trunk/SCRIPTS
export PATH=$PALM_BIN:$PATH

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# Resource requirements of the job #
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### maximum walltime of the job (hh:mm:ss): ###
#$ -l h_rt=0:10:0

### memory per job slot (maximum: 1.9G for low-memory nodes, ###
### 3.8G for high-memory nodes):                             ###
#$ -l h_vmem=100M

### uncomment line if high-memory node is needed (>23 GB per node): ###
##$ -l highmem=true

### disk space - default: 50 GB (if too low, job aborts!)    ###
### if job generates data larger than 50G --> increase value ###
#$ -l h_fsize=50G


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# Specific options for parallel jobs #
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### which parallel environment to use, and number of slots ###
#$ -pe impi 8

### enable resource reservation (to prevent starving of parallel jobs) ###
#$ -R y


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#                     Commands to be executed by the job                     #
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echo `date`
echo

### it's useful (and nice) to see on which machines the job is running ###
echo "Contents of PE_HOSTFILE:"
cat $PE_HOSTFILE
echo

### load required modules / unload conflicting modules ###
module unload gcc
module load netcdf/4.2.1.1/intel/64/2011.0.013
module load netcdf-fortran/4.2/intel/64/2011.0.013
module load intel/ics/64/2011.0.013
module load intel/impi/4.0.1.007/64
module load hdf5/1.8.9/intel/64/2011.0.013
module load qt4/4.8.2

### call script which starts palm ###
mrun -z -d example_cbl -h lcflow -K parallel -X 8 -t 600 -z -r "d3# pr#"

exit